Tahun di dalam kurungan () menunjukkan tahun siri itu mula diterbitkan.

• Bobobo-bo Bo-bobo (2007)
• Hikaru no Go (2004)
• Naruto (2003)
• One Piece (2003)
• Yu-Gi-Oh! Millennium World (2005)
• Yu-Gi-Oh! GX (2007)
• YuYu Hakusho (2003)

Siri-siri manga yang akan disirikan di dalam Shonen Jump

• Bleach
• Yu-Gi-Oh! R

Siri-siri manga yang pernah disirikan di dalam Shonen Jump

• Sand Land (Jan-Dis 2003) (berakhir dan digantikan oleh Hikaru no Go)
• Dragon Ball Z (2003-April 2005) (dihentikan)
• Yu-Gi-Oh! (2003-November 2004) (Tujuh jilid pertama disirikan) (berakhir dan digantikan oleh babak kisah "Millennium World")
• Gin Tama (Jan-Mei 2007) (Jilid pertama disirikan) (dihentikan dan digantikan dengan Bobobo-bo Bo-bobo dua bulan kemudian)
• Shaman King (2003-Ogos 2007) (dihentikan)